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如何看懂和绘制火山图,基因差异火山图怎么看?,基因火山图怎么做

2019-10-09     31    

cn#GLkfpQakfk 如何看懂和绘制火山图 2017-08-01

今天就先来聊聊如何看差异表达基因数据,火山图,聚类图又怎么看。1差异基因筛选方法那差异基因是如何筛选出来的呢?差异基因的筛选方法有很多,包括倍数法、T...

黄飞鸿5955 基因差异火山图怎么看? 2017-12-29

基因差异火山图看法如下: 火山图可反映总体基因的表达情况,横坐标代表log2(Fold Change),纵坐标表示-log10(P值),每个点代表一个基因,颜色用以区分基因...

xiaopidiandema 基因火山图怎么做 2018-09-18

基因差异火山图看法如下: 火山图可反映总体基因的表达情况,横坐标代表log2(Fold Change),纵坐标表示-log10(P值),每个点代表一个基因,颜色用以区分基因...

cn#BauuVBkGkQ 基因火山图怎么做 2015-12-09

水火无情:【基本解释】:指水和火是不讲情面的,如疏忽大意,容易造成灾祸。 【拼音读法】:shuǐ huǒ wú qíng 【使用方法】:主谓式;作主语、补语...

anonymous 基因火山图怎么做 2017-09-27

如何利用matlab绘制火山图 倍数法适用于没有生物学重复的样本,其计算基因在两个条件下表达水平的比值,确定比值的阈值,将绝对值大于此阈值的基因判断为差异...

一朵白云儿love 基因火山图怎么做 2016-06-13

显示功能如:二维、三维scatter plot、火山图(volcano plots)、箱型图(box plots)、2D 树像图 (2D dendrograms)可以通过画图软件来完成。 excel origin 都可以 ...

windy漂浮星空 基因火山图怎么做 2017-01-06

一般用红三角或黑三角表示。

cn#GBGBuaaVBu 基因火山图怎么做 2019-04-27

孵化机腹股沟管复古红富贵花飞飞哥发广告

武音1 基因火山图怎么做 2018-01-31

dnf先出的安图妮4人本,接着是20人本,20人本难度加大而且需yao同时守住不同的图,每个人必须通关一次图才能获得奖励{也就是如果所有图都被一个队伍打完了,...

fffffffffff690 基因火山图怎么做 2016-03-17

海沸山裂


孙老湿本周有事请假,此乃旧文重发,期待孙老湿回归。


火山图(Volcano Plot)是一类用来展示组间差异数据的图像,因为在生物体发生变化时从全局角度而言大部分的基因表达没有或着发生了很小程度的变化,只有少部分基因的表达发生了显著的变化。故而,火山图常见于RNA表达谱和芯片的数据分析中,最常用于分析基因的差异表达,近年来也陆续有其他组学的应用,此处不做详述。


火山图的本质是一个Plus版的散点图,其中包含两个重要的概念:


1)显著性,也就是p-value,差异性检验两组样本的p值,以负对数-log10(P-value)转换做为纵坐标;


2)以log2(Fold Change)为横坐标,即可得火山图,利用一定的筛选条件(如Fold Change大于2倍,显著性P值小于0.05),即可筛选出显著差异表达的基因,进行后续研究。

 

如果大家用的是DEseq2分析RNA表达谱的数据,分析结果应该如下,其中log2FoldChange是表达量的log2(Fold Change)值,padj列示矫正后的pvalue,这两列也就是我们画火山图需yao的两列。



首先,我们把DEseq的输出格式转换成dataframe格式,用函数as.data.frame(),并用head查看其前6行,如下:

df <->



接下来按照P<0.05, log2foldchange=""> 2 或者log2FoldChange <>下调和上调表达的颜色设置:


设定分组并赋值给变量color,我们把P<0.05, log2foldchange=""> 2定义为上调,颜色设置为红色,把P<0.05, log2foldchange=""><>

df$color <- ifelse(df$padj=""><>0.05 & abs(df$log2FoldChange) >= 2,ifelse(df$log2FoldChange > 2 ,'red','blue'),'gray')


设定好分组,还需yao给分组指定颜色:


r color<- c(red="">'red', gray = 'gray', blue ='blue')


绘图的完整代码在这里:


p <- ggplot(df,="" aes(log2foldchange,="" -log10(padj),="" col="color))" +=""  =""  geom_point()="" +=""  =""  theme_bw()="" +=""  =""  scale_color_manual(values="color)" +=""  =""  labs(x="">'log2 (fold change)',y='-log10 (q-value)') +    geom_hline(yintercept = -log10(0.05), lty=4,col='grey',lwd=0.6) +    geom_vline(xintercept = c(-2, 2), lty=4,col='grey',lwd=0.6) +    theme(legend.position = 'none',          panel.grid=element_blank(),          axis.title = element_text(size = 16),          axis.text = element_text(size = 14))p

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